Theo đó, Thông tư  áp dụng đối với tổ chức, cá nhân Việt Nam và tổ chức, cá nhân nước ngoài liên quan đến thực hiện thủ tục điện tử cho tàu thuyền Việt Nam hoạt động tuyến nội địa vào, rời cảng biển Việt Nam.

Thông tư có hiệu lực từ ngày 01 tháng 01 năm 2016; Thủ tục đối với phương tiện thủy nội địa theo quy định của Thông tư này được áp dụng từ ngày 01/03/2016.

Đối với tàu thuyền chưa đủ điều kiện thực hiện thủ tục điện tử theo quy định tại Thông tư này thì được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 21/2012/NĐ-CP ngày 21/3/2012 của Chính phủ về quản lý cảng biển và luồng hàng hải và Thông tư số 10/2013/TT-BGTVT ngày 8/5/2013 của Bộ trưởng Bộ GTVT hướng dẫn thực hiện một số điều của Nghị định số 21/2012/NĐ-CP.