Mục tiêu Chương trình nhằm thực hiện có hiệu quả Chỉ thị số 23 của Chính phủ; nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước trong hoạt động bảo đảm trật tự, an toàn giao thông đường thủy nội địa, tăng cường hiệu lực và kỷ cương của lực lượng thực thi công vụ. Đẩy mạnh, đổi mới nội dung, hình thức tuyên truyền, phổ biến pháp luật về giao thông đường thủy nội địa, làm chuyển biến mạnh mẽ về nhận thức và hành động của các tổ chức cá nhân hoạt động kinh doanh vận tải trong việc chấp hành pháp luật khi tham gia giao thông, nâng cao ý thức vì cộng đồng của mỗi cá nhân, thay đổi hành vi và cách ứng xử khi có tai nạn hoặc sự cố xảy ra trên đường thủy, bảo đảm trật tự an toàn giao thông, góp phần phòng ngừa tai nạn, hình thành môi trường văn hóa giao thông đường thủy nội địa.

Chương trình đã đề ra các giải pháp trọng tâm gồm: nâng cao năng lực, hiệu quả công tác quản lý nhà nước trong lĩnh vực bảo đảm trật tự, an toàn giao thông đường thủy nội địa, nâng cao năng lực, chất lượng dịch vụ và giám sát cước vận tải đường thủy nội địa; quản lý kinh doanh và điều kiện kinh doanh vận tải đường thủy nội địa, hoạt động của các bến thủy nội địa, bến khách ngang sông; tăng cường quản lý chất lượng các hoạt động đầu tư xây dựng, bảo trì kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy; nghiên cứu tổ chức giao thông khoa học, hợp lý, phù hợp với cơ sở hạ tầng giao thông;…